GABI-GAIN; Biometrische und bioinformatische Tools für eine Genomik-basierte Pflanzenzüchtung

Beschreibung

AP E: Entwicklung von Simulationssoftware zur optimalen Gestaltung von QTL-Kartierungsstudien mit Populationen, die aus Mehrlinien-Kreuzungen hervorgegangen sind. Anwendung dieses Instrumentariums zur optimalen Allokation von Ressourcen in QTL-Kartierungsstudien, die in angewandte Zuchtprogramme integriert sind. Analyse der Versuchsdaten von QTL-Kartierungsstudien, die von den Wirtschaftspartnern mit Mehrlinienkreuzungen zur Schätzung relevanter Parameter durchgeführt wurden. Entwurf von Strategien zur optimalen Gestaltung von QTL-Kartierungsstudien mit Mehrlinienkreuzungen basierend auf Simulations- und Versuchsdaten verschiedener Kulturarten.

AP F: Entwicklung biometrischer Modelle und Prototyp-Software zur Detektion epistatischer

QTL und zur Auflösung komplexer Gen-Netzwerke unter Verwendung von Assoziationskartierung (AM) und kombinierter Kopplungs- und Assoziationskartierung (JLAM) in Pflanzenzüchtungspopulationen. Entwicklung von Strategien zur optimalen Gestaltung von JLAM-Studien hinsichtlich der Elternwahl, der besten Kreuzungsschemata, der Anzahl der Kreuzungen und der Linien pro Kreuzung. Analyse umfangreicher genomischer, phänotypischer und Pedigree-Daten von AM-Experimenten, die von den Wirtschaftspartnern durchgeführt werden oder aus anderen GABI-FUTURE-Projekten stammen.